NGS實驗室設(shè)計之分區(qū)設(shè)計
由于NGS技術(shù)容易出現(xiàn)實驗室污染,導(dǎo)致檢測結(jié)果不準(zhǔn)確。因此設(shè)計一個嚴(yán)格有序、規(guī)范的NGS實驗室是非常必要的,且各分區(qū)要設(shè)計分明,功能對應(yīng)。
1. 試劑準(zhǔn)備區(qū)
本區(qū)域為潔凈區(qū)域,用于試劑的配制、分裝及少量儲藏等,需存放于此區(qū)域的試劑不可逆行由后續(xù)處理樣本的區(qū)域進(jìn)入。另外,試劑盒中的陽性質(zhì)控品和對照品不應(yīng)貯存于此區(qū)域。
2. 樣本準(zhǔn)備區(qū)
本區(qū)域為半污染區(qū),用于核酸的提取及濃度測定。在提取不同類型的樣本(新鮮組織、FFPE、血液等)核酸時應(yīng)避免樣本之間的交叉污染,建議在區(qū)域內(nèi)設(shè)置不同樣本的獨立的超凈工作臺。布局時應(yīng)注意高速離心機(jī)運行時產(chǎn)生的振動是否干擾其它設(shè)備等細(xì)節(jié)。
3. 文庫制備區(qū)
本區(qū)域為半污染區(qū),用于文庫的構(gòu)建。NGS檢測時常見的文庫制備方法有雜交捕獲法和擴(kuò)增子法,兩種方法均包含通過PCR放大文庫產(chǎn)量的步驟,因此在文庫制備區(qū)構(gòu)建文庫時,建議文庫擴(kuò)增產(chǎn)物傳遞至下一階段區(qū)域(雜交捕獲區(qū))進(jìn)行純化及后續(xù)操作。另外,組織樣本進(jìn)行捕獲法建庫時需要先對樣本做片段化處理,因此操作臺面規(guī)劃時應(yīng)區(qū)分片段化區(qū)域和建庫區(qū)域。
4. 雜交捕獲區(qū)
本區(qū)域為半污染區(qū),用于文庫擴(kuò)增后的純化,以及后續(xù)的二次擴(kuò)增或捕獲富集等步驟。嚴(yán)防此區(qū)域擴(kuò)增產(chǎn)物及氣溶膠等對其它區(qū)域的污染,盡量減少人員在該區(qū)域與其它區(qū)域之間反復(fù)頻繁流動,同時該區(qū)域的實驗物品、實驗服等盡量避免外帶。
5. 文庫擴(kuò)增區(qū)
本區(qū)域為半污染區(qū),對雜交捕獲產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增富集,同時對上機(jī)測序前的文庫進(jìn)行質(zhì)控,并且完成文庫上機(jī)前文庫*終的稀釋和混樣。
6. 測序分析區(qū)
本區(qū)域為半污染區(qū),用于文庫的上機(jī)測序。此區(qū)域應(yīng)配備穩(wěn)定的供電設(shè)施及備用電源,并配備獨立的制冷設(shè)施保證測序儀在相對恒定的溫濕度環(huán)境下工作;還需開設(shè)適宜面積的機(jī)房用于放置服務(wù)器等,所配備的網(wǎng)關(guān)設(shè)備應(yīng)兼具穩(wěn)定性和安全性,確保數(shù)據(jù)有效、安全傳輸。
7. 電泳區(qū)
本區(qū)域為半污染區(qū),用于核酸樣本質(zhì)量和文庫片段的分析。
總之,一個規(guī)范的NGS檢測實驗室是獲得準(zhǔn)確檢測結(jié)果的重要保障,在實驗室運行過程中要始終堅持“工作有序、互不干擾、防止污染、報告及時”的基本準(zhǔn)則。
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